Le Fantôme de Ganon est un clone (raté ?) de Ganondorf. Nous savons très peu de choses à son sujet, seulement qu'il a été créé par Ganon lui-même, tout comme Dark Link et Alter Ganon.

Dans Ocarina Of Time, Link fait sa rencontre au cours de son exploration du Temple de la Forêt. Au premier abord, Link pense rencontrer Ganondorf lui-même jusqu'à ce que celui-ci arrache son masque pour laisser place à son vrai visage, celui d'un cochon. Lorsque Link réussit à en venir à bout, Ganondorf intervient et l'achève en l'envoyant dans la Fosse des Dimensions.

Dans The Wind Waker, Link rencontre le Fantôme de Ganon à deux reprises. La première fois, lorsqu'il retourne à la Forteresse Maudite pour délivrer sa soeur, Excalibur à la main. Le combat s'effectue à ce moment-là dans la Cour Principale de l'île. La seconde et dernière fois, le clone de Ganondorf attend Link dans la Tour de son maître. Le combat entre l'Elfe et le Fantôme s'effectue alors dans les entrailles de la Tour. Dans cet épisode, Ganon Spectral se présente comme un véritable spectre et ressemble beaucoup plus à Ganon qu'à Ganondorf, contrairement à sa précédente apparition dans Ocarina Of Time. Il possède d'ailleurs une épée dont l'Elu se servira pour atteindre la salle d'Alter Ganon.

Enfin, dans Four Swords Adventures, il apparait à plusieurs reprises :

• A la fin du niveau "Et le vent se leva...", dans le Château d'Hyrule ;
• A la fin du niveau "Monde des Ténèbres", dans le Temple des Ténèbres.

Dans cet opus, le Fantôme de Ganon est représenté de la même manière que dans The Wind Waker.

La plupart du temps, pour venir à bout de cet ennemi, il suffit de lui renvoyer ses attaques à l'aide de l'épée (ou de la bouteille). Néanmoins, à certains moments, Ganon décide de changer de méthode : il se réfugie dans ses tableaux (Ocarina Of Time), vous assène une multitude de boules d'énergie (The Wind Waker) ou se dedouble (The Wind Waker, Four Swords Adventures). A ce moment-là, il faudra que vous aussi pensiez à changer de méthode, soit en utilisant votre arc, soit en évitant tout simplement ses attaques !